Үндэсний хөрөнгө оруулалтын банк нь бүтэц, зохион байгуулалтын хувьд олон улсын стандартад нийцсэн гүйцэтгэл, хяналт шалгалтын үйл ажиллагааг ханган ажилладаг. Санхүү, бүртгэлийн үйл ажиллагаа нь Санхүү бүртгэл тайлагналын газар болон салбар, нэгжүүдэд хийгддэг бөгөөд өдөр тутмын үйл ажиллагааг мэргэжлийн удирдлагаар хангаж ажилладаг. Санхүү бүртгэл тайлагналын газар нь Тайлагналын хэлтэс, Төлбөр тооцооны алба гэсэн бүтэцтэй. Санхүү бүртгэл тайлагналын газар нь банкны үйл ажиллагааны зорилтын хүрээнд нягтлан бодох бүртгэлийн бодлого боловсруулах, түүнийг боловсронгуй болгох, хэрэгжилтэд хяналт тавих, санхүүгийн үр ашгийг дээшлүүлэх үүрэг хүлээж, санхүүгийн төсөв, төлөвлөгөө боловсруулах, батлагдсан төсөв, төлөвлөгөөг зориулалтын дагуу зарцуулах, хяналт тавих, салбар, нэгжүүдэд орлого, зардлын хуваарилалт хийх, санхүүгийн бүртгэл хөтлөх, тайлан, мэдээ гаргах, удирдлагыг мэдээллээр хангах, хөндлөнгийн аудитаар санхүүгийн тайланг баталгаажуулахад дэмжлэг үзүүлэх, олон нийтэд мэдээлэх, хэрэглэгчдийг үнэн, зөв санхүүгийн мэдээллээр хангах чиг үүргийг хэрэгжүүлж ажиллаж байна. Түүнчлэн банкны гадаад, дотоод төлбөр тооцооны үйл ажиллагааг гүйцэтгэх, зээлийн үйл ажиллагаанд бүртгэлээр хяналт тавих, санхүүгийн үйл ажиллагааг тасралтгүй, хэвийн гүйцэтгэхэд шаардлагатай програм, техник хангамж, мэдээллийн сангийн уялдаа холбоо, гадаад, дотоод сүлжээний найдвартай ажиллагааг хангах, хүү, шимтгэлийн ерөнхий нөхцөлийг тогтоох зэрэг чиг үүргийг хэрэгжүүлж ажилладаг. Санхүү, тайлан бүртгэлийн үйл ажиллагаа нь банкны үйл ажиллагааны үр нөлөө, үр ашгийг дээшлүүлэхэд чиглэгдэнэ. Санхүү, бүртгэлийн өдөр тутмын үйл ажиллагаанд Нягтлан бодох бүртгэлийн тухай хууль, Банкны тухай хууль, ААНОАТ-ын хууль, НББОУСтандарт, Монголбанкны Ерөнхийлөгчийн баталсан Нягтлан бодох бүртгэлийн багц заавар, Засгийн газар, Сангийн сайдын баталсан Нягтлан бодох бүртгэл, санхүүгийн тайлангийн заавар, журам, Үндэсний хөрөнгө оруулалтын банкны дүрэм, заавар, журмыг мөрдөн ажилладаг.
Банкны Төлөөлөн удирдах зөвлөлийн шууд удирдлагад ажилладаг Дотоод аудитын хэлтэс нь банкны дотоод хяналтын чиг үүргийг хэрэгжүүлж ажилладаг. Дотоод аудитын хэлтэс нь гүйцэтгэх удирдлагаас бие даасан, хараат бус үйл ажиллагаа явуулж, Төлөөлөн удирдах зөвлөлд ажлаа тайлагнадаг. Банкны тухай хууль, тогтоомж, дүрэм, заавар, журмыг мөрдөн ажиллаж байгаад хяналт тавьж, банкны бүхий л ажил, үйлчилгээг хамруулан шалгалт хийж, үйл ажиллагааны үр дүн, үр ашгийг дээшлүүлэхэд гүйцэтгэх удирдлагад туслалцаа үзүүлж ажилладаг.
